Nasceu em 626 na Bélgica, filha caçula de Pepino I e Ida de Nivelles, irmã de Santa Begga. Ela devotou-se à vida religiosa desde cedo e recusou um casamento com um nobre para seguir a vida religiosa. Com a morte de Pepino em 639 e seguindo o conselho de Santo Amando de Maastrich, sua mãe Ida construiu um Monastério em Nivelles para onde ela e suas filhas se retiraram. Gertrudes tornou-se Abadessa do mosteiro de Nivelles muito jovem.
Ficou muito conhecida pela sua hospitalidade para com os peregrinos e para com os missionários Irlandeses. Ela deu ao Santo Foillan um pedaço de terra no qual ele construiu o monastério de Fosses.
Para ajudar São Ultan na sua evangelização em 656DC, Santa Gertrudes renunciou ao seu posto de Abadessa e passou o resto de sua vida estudando as escrituras e fazendo penitencia. Era mística e tinha visões. Teve uma visão que iria morrer com a idade de Jesus o que acabou acontecendo. Ela morreu aos 33 anos em 659 em Nivelles.

O culto a Santa Gertrudes espalhou-se pelos Países Baixos ( Holanda, Bélgica, Suíça ), pela Inglaterra, Escócia e vários folclores e lendas foram vinculadas ao seu nome.
Até 1822 devotos ofereciam camundongos de prata e de ouro no seu santuário em Colonha, Alemanha.
Os camundongos representavam as almas do purgatório, para as quais ela tinha grande devoção.
É padroeira dos jardineiros visto que a tradição diz que no dia de sua festa sempre é boa hora de plantar rosas e flores da primavera. 
É tambem invocada como padroeira daqueles que morreram recentemente visto que ela teria tido uma visão na qual fez uma jornada de três dias ao outro mundo e que aqueles que fossem seus devotos passariam a primeira noite, após a morte, sob os cuidados de Santa Gertrudes, segunda em influencia apenas para o Arcanjo São Miguel.

A tradição diz que ela teria enviado seus súditos em uma viagem a um país distante, prometendo a eles que nada aconteceria durante a jornada. Quando se encontravam no meio do oceano um grande monstro marinho teria tentado soçobrar o barco mas, teria imediatamente desaparecido com a invocação de Santa Gertrudes.
Assim, em memória desta ocorrência, os viajantes durante a Idade Media tomavam uma bebida chamada “Sinte Geerts Minne”ou seja Gertrudenminte” ( uma especie de menta) antes de iniciar uma viagem.
Alguns escoceses dizem que esta bebida existe até hoje e seria benta pelo pároco da Igreja de Santa Gertrudes em Nivelles ou no seu Santuário em Colonha.
Na arte litúrgica da Igreja ela é mostrada: 1) uma Abadessa com camundongos rodeando seu báculo (cajado pastoral), 2) como uma Abadessa com camundongos a seus pés, 3) como uma Abadessa com camundongos correndo em seu manto 4) segurando uma ratazana, 5) segurando o báculo e com um gato junto dela.

Sua festa é celebrada no dia 17 de março.